El fundador de este pueblo fue Pedro Romero, sacerdote jesuita que estaba en la reducción de Candelaria, vecina a Todos los Santos del Caaró cuando en 1628 ocurrió el martirio de Roque González y sus compañeros. También fue perseguido por los hombres de Ñezú, pero logró salvar su vida. Fue designado sucesor de Roque en el cargo de Superior de las reducciones.
En el año 1630 el Padre Pedro Romero se dirigió al Norte de San Javier sobre el río Uruguay, donde según la crónica de Nicolás del Techo “halló reunidas trescientos cincuenta familias y que este número podría fácilmente duplicarse; erigió la cruz, nombró autoridades y bautizó los niños.” Así quedó fundada la reducción de Nuestra Señora de la Asunción de Acaraguá que se encomendó al Padre Cristóbal Altamirano, quien la dirigió durante doce años.
Por su ubicación, se confió a este pueblo la tarea de vigilar el avance de los paulistas, sobre todo desde que se tenían noticias de los preparativos de una gran bandeira. El 25 de febrero de 1641 los centinelas pudieron comprobar la inminente llegada de los portugueses. En Acaraguá ocurrió el primer enfrentamiento, con las avanzadas de los bandeirantes. Cuando llegó el grueso de la expedición, los pobladores se habían retirado a Mbororé, dejando al enemigo perplejo en Acaraguá al no encontrar más que casas desiertas. En Mbororé, en tanto, se preparaban más de tres mil soldados.
El lunes 11 de marzo de 1641 se trabó la gran batalla por río y por tierra, y las refriegas se repitieron hasta el sábado 16. Los bandeirantes huyeron hacia los montes perseguidos por los misioneros comandados por el Capitán Ñeenguirú. Se envió un grupo a Acaraguá para ver qué rumbo tomaba el enemigo. Allí capturaron algunas canoas y bolsas de trigo; además el Padre Claudio Ruyer, superior de las Misiones, relata que “quemaron los ranchos y caseríos y demás cosas que podían servir de alivio alguno al portugués y a sus vasallos…” Ruyer agrega que “uno de los más crueles enemigos que el portugués tuvo fue el hambre… no comían otra cosa que palmitos…” Los misioneros continuaron persiguiendo a los portugueses que se replegaban, para rescatar todos los cautivos que fuera posible.
Abandonado y destruido el primer asentamiento de la reducción en Acaraguá, la población de mil trescientas personas se reorganizó en Mbororé. La victoria sobre los bandeirantes fue atribuida a la Santa Patrona y, según la tradición, en agradecimiento tallaron la imagen de la Santísima Virgen con el título de Nuestra Señora de la Asunción de Acaraguá y Mbororé. La gran devoción a la Santa Patrona, produjo muchas conversiones entre los nativos.
La carta anua (informe) de 1645-46 consignaba que este era el pueblo situado más al Norte, y por lo tanto, “el más expuesto a las invasiones enemigas. Vive allí gente muy fiel y ejemplar por su vida cristiana. Son dóciles, constantes en asistir a las funciones sagradas y como es su oficio, muy diligentes en explorar la vecindad, para no ser asaltados de improviso los pueblos.” Por eso, para una mejor defensa emigró a la región más austral de las Misiones y se unió a la reducción de Yapeyú. En 1657 se separó de ésta y volvió a trasladarse, ubicándose a ocho leguas al Norte. Allí comenzó a denominársela también con el nombre de La Cruz. En la Iglesia Parroquial de este pueblo correntino se conserva la imagen de Nuestra Señora de la Asunción tallada después de la victoria de Mbororé.
Este pueblo, al igual que los otros de Misiones, sufrió los estragos de las guerras en el período de revolución e independencia. En 1817 fue atacado e incendiado por las fuerzas portuguesas del General Francisco Das Chagas Santos que buscaban a Andresito. A pesar de esto, La Cruz nunca se despobló totalmente y concentró la población dispersa de los demás pueblos misioneros destruidos. Empleó todos los medios para preservar la imagen de Nuestra Señora de la Asunción de Mbororé. Actualmente además de la imagen, se encuentra en el templo un armario histórico, tallado a cuchillo, en donde según la tradición se cree que se guardó la Imagen de la Virgen durante los ataques mencionados, salvándola de la destrucción y del robo.
El pueblo de La Cruz guarda muy viva la tradición religiosa de la Reducción de Nuestra Señora de la Asunción de Acaraguá-Mbororé. Cada año rememora su historia y expresa su fe en la gran fiesta del 15 de agosto, día de la Asunción de María.
Por la historiadora María Angélica Amable, miembro del directorio de la Junta de Estudios Históricos de Misiones.
