Las necesidades de la creación de la Prefectura de Posadas datan del año 1880, cuando el Puerto era el más importante del territorio misionero por el que se realizaba el intercambio comercial de la región.
Por consiguiente, y a fin de lograr tales propósitos, el 16 de marzo de 1882 se crea la Subprefectura de Posadas, cuya función consistía en la vigilancia de los ríos y la persecución del contrabando, que lesionaba los intereses económicos de la zona.
Para revertir tal estado de cosas, se otorga las funciones de Policía de Navegación o Policía Marítima, siendo su primer jefe, el subprefecto, Eladio Guezalaga.
Desde su comienzo, la subprefectura de Posadas estuvo ubicada en la Bajada Vieja, terreno que pertenecía en 1864 a la sucesión Barta, en 1881 fue adquirido por la firma Arcastle y posteriormente vendido a Alejandro Novoa, quien le arrendó a la Prefectura desde 1940 hasta el 26 de julio del año 2000, fecha en la cual fueron reinstaladas sus dependencias al lugar actual en el Muelle Alto del Puerto de Posadas, km. 1.583 margen izquierdo del río Paraná.
En 1910 la institución se jerarquiza adquiriendo por oficio número 2 N-39-2/10 el nombre de Prefectura Posadas.
Actualmente posee 182 km. de jurisdicción, área comprendida entre los km. 1.528 y 1.710 del río Paraná, con 8 subprefecturas subordinadas.
